העוגן השלישי של הדרכת הורים בגישת המנהיגות ההורית הוא הטיפול המשפחתי. המשותף למרבית האסכולות של הטיפול המשפחתי היא האמונה כי מעורבות המשפחה בהתמודדות ובפתרונות לקשיים ולבעיות מועילה ביותר, וזאת גם אם מקור הבעיה מיוחס רק לאחד מחברי המשפחה ונתפס כבעיה אישית שלו. מעורבות זו של המשפחה מושגת לרוב באמצעות השתתפות ישירה של כל חבריה בפגישות הטיפוליות.
לעוגן הטיפול המשפחתי מספר השלכות מעשיות חשובות על הדרכת הורים בגישת המנהיגות ההורית.
ראשית, המדריך הוא אקטיבי, מייעץ, נותן משימות ("שיעורי בית") להורים. ההנחה בגישות השונות של הטיפול המשפחתי היא שכדי להשיג שינוי משמעותי במשפחה הורים זקוקים לכלים אפקטיביים לשינוי.
שנית, המדריך עוזר להורים להשיג שינוי במבנה המשפחה, ולא רק לפתור בעיה ספציפית. ההנחה היא שכאשר נוצרת תנועה המשנה את המבנה המשפחתי ואת הדינמיקה המשפחתית, גדלה האפשרות לצמיחה של כל בני המשפחה.
שלישית, המדריך עוזר להורים לשפר את דפוסי התקשורת במשפחה. ההנחה היא שדפוסי תקשורת טובים חיוניים לבריאות המשפחה ולפתרון ראוי של קונפליקטים.
